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服务编号

服务项目

相关产品

相关服务

SNP01

TaqMan探针法

核酸提取与纯化产品

全基因外显子捕获测序

SNP02

SNaPshot法

PCR/RT-PCR产品

SNP03

HRM法

荧光定量PCR产品

SNP04

MassArray法

一代测序仪相关产品

DNA测序

SNP05

数据分析服务

——

 

 

  服务项目:

  1.TaqMan探针法

  针对染色体上的不同SNP位点分别设计PCR引物和TaqMan探针,进行实时荧光PCR扩增。探针的5’-端和3’-端分别标记一个报告荧光基团和一个淬灭荧光基团。当溶液中存在PCR产物时,该探针与模板退火,即产生了适合于核酸外切酶活性的底物,从而将探针5’-端连接的荧光分子从探针上切割下来,破坏两荧光分子间的PRET,发出荧光。通常用于少量SNP位点分析(见图1)。

  图1 某SNP位点分析结果  A.纯合(G/G)  B.杂合(G/T)

 

  2.SNaPshot法

  该技术由美国应用生物公司(ABI)开发,是基于荧光标记单碱基延伸原理的分型技术,也称小测序,主要针对中等通量的SNP分型项目。在一个含有测序酶、四种荧光标记ddNTP、紧临多态位点5’-端的不同长度延伸引物和PCR产物模板的反应体系中,引物延伸一个碱基即终止,经ABI测序仪检测后,根据峰的移动位置确定该延伸产物对应的SNP位点,根据峰的颜色可得知掺入的碱基种类,从而确定该样本的基因型。对于PCR产物模板可通过多重PCR反应体系来获得。通常用于10-30个SNP位点分析(见图2)。

  图2 人线粒体22个SNP位点的SNaPshot实验结果

 

  3.HRM法

  高分辨率熔解曲线分析(HRM)是近几年兴起的SNP研究工具,它通过实时监测升温过程中双链DNA荧光染料与PCR扩增产物的结合情况,来判断是否存在SNP,而且不同SNP位点、是否是杂合子等都会影响熔解曲线的峰形,因此HRM分析能够有效区分不同SNP位点与不同基因型。这种检测方法不受突变碱基位点与类型的局限,无需序列特异性探针,在PCR结束后直接运行高分辨率熔解,即可完成对样品基因型的分析。该方法无需设计探针,操作简便、快速,成本低,结果准确,并且实现了真正的闭管操作(图3)。

  图3 某基因的SNP(G>A)进行HRM分析的结果。A图为熔解曲线,B图为差异图

 

  4.Mass Array法

  MassARRAY分子量阵列技术是Sequenom公司推出的世界上领先的基因分析工具,通过引物延伸或切割反应与灵敏、可靠的MALDI-TOF-MS技术相结合,实现基因分型检测。基于MassARRAY平台的iPLEX GOLD技术可以设计最高达40重的PCR反应和基因型检测,实验设计灵活,分型结果准确性高。根据应用需要,对数十到数百个SNP位点进行数百至数千份样本检测时,MassARRAY具有最佳的性价比,特别适合于对全基因组研究发现的结果进行验证,或者是有限数量的研究位点已经确定的情况。

  送样要求:

  细胞(≥106 )、组织(≥300mg)、血液(≥1ml)、基因组DNA(≥20μl,浓度≥50ng/μl)。

  提供结果:

  检测SNP的原始数据、数据分析结果及书面报告。

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